Tras un máster en Bioquímica y un posgrado en Nutrición, en 1999, Philippe Gérard obtuvo un doctorado en Microbiología en la Universidad de Nancy. Luego de un posdoctorado de dos años en el CEA de Grenoble, en 2001, fue contratado como responsable de investigación en el INRA (Institut National de la Recherche Agronomique). Posteriormente llevó a cabo investigaciones sobre las funciones de las bacterias intestinales utilizando modelos animales axénicos (carentes de microbiota) y, más concretamente, sobre la influencia de estas bacterias intestinales en las enfermedades metabólicas (obesidad, diabetes, enfermedades hepáticas).
En 2010, fue nombrado jefe de investigación del equipo AMIPEM (Alimentación, Microbiota Intestinal, Patologías Encefálicas y Metabólicas) del Institut Micalis (INRA, Jouy-en-Josas, Francia) antes de ocupar el cargo de Director de Investigación en 2014. Su equipo de investigación determinó que los ratones axénicos son resistentes a la obesidad y a la resistencia a la insulina causadas por una dieta hiperlipídica y que la microbiota intestinal desempeña un papel fundamental en el desarrollo de la esteatosis hepática y la hepatopatía alcohólica. Asimismo, su equipo desarrolla proyectos encaminados a determinar la influencia de la microbiota intestinal en el eje intestino-cerebro y el desarrollo de trastornos psiquiátricos.
Desde 2014, es miembro de los consejos científicos de la Société Française de Nutrition y de la International Association for Gnotobiology. Es autor de más de 50 publicaciones y de capítulos de libros y ha participado en más de 40 ponencias acerca de la microbiota intestinal y su importancia para la salud.
