Bruno Pot inició su carrera académica en 1983 como taxónomo microbiano en el Laboratorio de Microbiología de Gante (Bélgica), donde obtuvo un doctorado en microbiología. Tras esto, participó en múltiples proyectos europeos de investigación relacionados con las bacterias lácticas y se interesó en gran medida por la bioinformática.
Luego de 14 años como investigador, fue nombrado Science Manager Benelux y Science Manager Europe para la empresa Yakult Europe (en los Países Bajos). En 2001, se incorporó como Director de Desarrollo Empresarial a tiempo parcial a Applied Maths, una joven empresa belga de bioinformática. Al mismo tiempo, fue nombrado Director de Investigación del laboratorio de «Bacterias lácticas e inmunidad de las mucosas» del Institut Pasteur de Lille (Francia), que se especializa en la investigación básica de los probióticos.
En esa misma época, comenzó a impartir clases de microbiología alimentaria, higiene y ecología en calidad de profesor visitante en la Vrije Universiteit Brussel (Bélgica). En 2016, Bruno Pot nuevamente se unió a Yakult Europe en los Países Bajos como Director científico Europa. Sigue impartiendo clases en la Vrije Universiteit Brussel y es miembro del Subcomité de Taxonomía de lactobacilos, bifidobacterias y géneros emparentados y es presidente del Pharmabiotic Research Institute (PRI).
Además, es miembro fundador del ESLP (European Scientific League for Probiotics) y participa activamente en las actividades de la IPA Europa, el ILSI Europa y la ISAPP sobre probióticos.
